1.嗜熱鏈球菌：
嗜熱鏈球菌(Streptococcus thermophiles)是發酵乳中主要的發酵菌株，鏈球菌屬，是兼性厭氧的革蘭氏陽性菌，較適作用溫度為37度~42度，較適pH6.8。它生長繁殖快，酸化活力高，發酵性能穩定，可以縮短發酵乳的凝乳時間，改善產品質地。同時，嗜熱鏈球菌是發酵乳中主要風味物質產生菌，在發酵過程中能夠產生己酸、乙偶姻、雙乙酰和乙醛等揮發性化合物，賦予製品優良的風味。
2.保加利亞乳杆菌（德氏乳杆菌保加利亞亞種）
德氏乳杆菌保加利亞亞種(Lac. delbrueckii subsp. bulgaricus)也是重要的發酵菌株，乳酸杆菌屬，是兼性厭氧菌，較適生長溫度37度~43度。該菌是乳酸菌中產酸能力較強的菌種，適宜在酸性條件下啟動生長（pH5.5~6.2），發酵速度快。德氏乳杆菌保加利亞亞種耐酸性強，是導致發酵乳過度發酵和後酸化的主要菌株，鑒於此，大多數發酵乳中，保加利亞乳杆菌通常與嗜熱鏈球菌配合使用，球菌和杆菌的比例為1:1或者2:1，不讓杆菌占優勢，防止酸度太高。
3.乳雙歧杆菌
乳雙歧杆菌（Bifidobacterium animalis）是發酵乳產品中廣泛使用的益生菌株，雙歧杆菌屬，革蘭氏陽性嚴格厭氧菌，較適生長溫度37度~41度。乳雙歧杆菌在乳中生長緩慢，產酸能力弱，不是典型的發酵菌，但它是人和動物腸道中重要的生理性細菌，參與免疫、營養、消化和保護等一係列生理過程，具有生物屏障、免疫增強和改善胃腸道等功能。
4.植物乳杆菌
植物乳杆菌 (Lactobacillus plantarum) 具有良好的發酵能力和益生功能，多用做輔助發酵劑，乳杆菌屬，厭氧或兼性厭氧，較適生長溫度30度~35度，較適pH6.5左右。植物乳杆菌存活能力和產酸能力強，耐鹽，發酵過程中可產生乳酸杆菌素，具有抑菌作用。植物乳杆菌屬於公認的益生菌，具有免疫調節、降低血清膽固醇含量、維持腸道內菌群平衡及吸附重金屬等功能。
5.嗜酸乳杆菌
嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)是人體腸道內的重要微生物，乳杆菌屬，厭氧或兼性厭氧，較適溫度37度~38度，較適pH5.5~6.0。嗜酸乳杆菌耐酸、耐膽鹽特性突出，存活率高，能夠順利到達腸道定殖，具有降血脂、降低膽固醇、調節腸道菌群、提升機體免疫力等作用，被視為第三代酸奶發酵劑。