生豬集中飼養方式可提高養殖戶的飼養技術、防疫能力以及管理水平，且比傳統化養殖方式的效率高，成本低，經濟效益更為可觀。但是規模養殖的糞汙處理問題一直是畜牧業的頭痛問題，養豬可持續健康發展要求合理解決畜禽糞便汙染問題，根據中國養豬網整理分析，現將主要的清糞工藝以及優缺點描述如下，各養豬同行應結合豬舍實際情況選擇合理的清糞方式，為豬群提供優質的生長環境。
（1）水衝糞方式。顧名思義水衝糞工藝是采用水衝的方式將豬舍裏的糞汙清洗、衝到儲糞池。優點：高效化清理糞汙，保持豬舍的清潔有利於人、畜的健康；勞動強度低，操作簡便。缺點：耗水量極大，增加了養豬成本；清潔不徹底，糞便中可溶性有機質殘留在汙水中，豬舍濕度高，患病率高。
（2）水泡糞方式。這種方式是在水衝糞基礎上發展而來，主要措施是在豬舍中修建大規模糞溝，注入一定量的水，將豬糞汙以及衝洗豬舍汙水一並排放到縫隙地板下的溝渠中，糞溝儲存滿後，打開閘門將溝中糞水排入糞便主幹溝，進入地下儲糞池。優點：比第一種方式節水、工藝簡單。缺點：糞汙長時間在豬舍會形成厭氧發酵，產生硫化氫、甲烷等有害氣體對豬、飼養人員身體有害。
（3）幹清糞方式。首先是機械清糞，該方式便於糞尿分離，幹糞便機械收集，尿液汙水等從下水道排放。優點：豬糞水分少，營養成分損耗小，肥料價值高；勞動效率高，節省人工。缺點：機械成本較高、噪音汙染。其次是人工清糞，人工清糞隻需簡易的清掃工具、人工清糞車。優點：設備簡單，投資少，成本低；缺點：勞動量大，生產效率低。
（4）發酵床方式。發酵床技術是生態環保養豬法中的一個環節，利用有機墊料建成發酵床，添加有益微生物，豬糞便被墊料掩埋，水分可被發酵過程中產生的熱蒸發。豬糞尿則是經過微生物菌發酵分解，轉化為糖類、蛋白質、有機酸、維生素等，達到無臭、無味、無害化目的。優點：增強了豬抗病力有利於其生長；汙染程度降低，無汙水，無排泄物排；節約勞動力。缺點：益生菌會受消毒藥、抗生素藥物影響，防控疾病難度加大；建設成本高，技術難度大，不利於普及。